En 1957 se inicia la obra Minuto de Dios con la creación de un par de viviendas en el barrio que hoy conocemos como Minuto de Dios, beneficiando a familias de bajos recursos, luego fue creciendo el número de casas lo cual hizo que la cantidad de personas aumentase, llegando a 1.624 casas. A medida que llegaban más personas al barrio, el Padre Rafael tenía claro que debía suplir otra necesidad fundamental, educar a los niños de esas familias, es por ello que en 1958 con la ayuda de dos profesores enseñó a leer, escribir, sumar, restar y las normas básicas de comportamiento a los niños del sector.
A partir de allí se empezó a conformar los primeros colegios que hacen parte desde el año 1993 de la Corporación Educativa Minuto de Dios, entidad creada por la Organización Minuto de Dios con el propósito de atender de manera centralizada el funcionamiento de establecimientos educativos.
- Colegio El Minuto de Dios Cúcuta (Cúcuta) 1991 *
- Preescolar de Popayán (Popayán) 1991 *
- Colegio Industrial El Minuto de Dios (Itagüí) 1993 *
*Estas instituciones actualmente no se encuentran en funcionamiento.